O tratamento da endometriose profunda é sempre cirúrgico. Feito por videolaparoscopia, é extremamente complexo e exige médicos qualificados e experientes neste tipo de intervenção. Deve ser realizado por uma equipe multidisciplinar que tenha pelo menos um ginecologista e um cirurgião geral especializados em cirurgia pélvica e com conhecimento da abrangência e envolvimento da doença com os outros órgãos. O planejamento da cirurgia deve ser feito com antecedência para que a paciente saiba das possíveis implicações, como a possibilidade de ressecção de uma parte do intestino (retosigmoidectomia), caso haja um comprometimento de várias camadas deste órgão, além de eventuais complicações. Tanto a paciente como a equipe devem estar prontos para estas possibilidades. O preparo intestinal pré-operatório é obrigatório para que a intervenção possa ser feita com tranqüilidade.
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